北京市朝阳外国语学校成立于1998年5月。学校建校时，校址分别位于朝阳区慧忠里232号楼、朝阳区慧忠里216号楼,1校2址。1999年4月开始招生，按计划招收6个初中教学班270名学生。同年6月，经朝阳区教育委员会批准招收寄宿学生。2000年9月，慧忠里217号成为初中部学生宿舍。
2001年6月，成立高中部，校址为慧忠北里203号。
2003年6月，经朝阳区教育委员会批准成立小学部，校址为风林绿洲23号。同年，慧忠里216号命名为小学部卧龙校区。
2007年转为体制改革试点学校；2009年经朝阳区人民政府、朝阳区教育委员会同意，转为公办学校；2010年发展成为十二年一贯制学校。2012年经北京市教育委员会批准，参与国家教育体制改革基础教育试验项目。
2013年，因慧忠北里203号校区抗震加固，高中部借址北京市朝阳外国语学校分校（来广营清河营中街东口148-1）办学。抗震加固后，原高中部校址慧忠北里203号改为初中二部。
2015年1月，在北京市教育均衡发展趋势下，朝阳区教育资源进行整合。原慧忠里小学并入，慧忠里414号成为北京市朝阳外国语学校小学二部。同年4月，整合原北苑中学、北苑小学为北京市朝阳外国语学校北苑分校，12月，整合原北京市朝阳外国语学校分校为来广营校区小学部、初中部。至此，形成了北京市朝阳外国语学校办学集团。
2019年9月，借北京市求实职业学校校址办学，成为初中部亚运村校区。
